Época de títulos internacionales (1987-1999)

A principios de 1987, las directivas de Nacional decidieron darle vía libre al proceso de los criollos con el profesor Francisco Maturana como DT del equipo.

En 1987, el equipo queda en el puesto 3, con un gran campeonato, pero con algo de irregularidad pierde la oportunidad de ganar el título, con jugadores como Leonel Álvarez y Luis Carlos Perea. En 1988, Nacional arma un gran equipo, con figuras como Víctor Marulanda y Oscar Córdoba, y en la parte técnica acompañando a Francisco Maturana, Juan José Peláez, Roberto Vasco y Hernán Darío Gómez, el equipo queda segundo y empieza a dar forma a lo que luego sería el equipo más glorioso del país, se da continuidad al proceso del criollismo, aunque no hubieran títulos todavía.

En 1989 gana la Copa Libertadores, siendo el primer equipo no perteneciente a la región del Río de la Plata en hacerlo, en la primera fase de la Copa compartió el grupo 3 con Millonarios, Deportivo Quito y Emelec, avanzó en la segunda posición por detrás de Millonarios con 7 puntos. En octavos de final se enfrentó a Racing Club perdiendo 1-2 en el partido de ida y ganando 2-0 en Medellín. En Cuartos de Final se enfrentó nuevamente a Millonarios empatando 1-1 en Bogotá y ganando 1-0 en Medellín. En Semifinales se encuentra con Danubio de Uruguay con quién empató 0-0 en Montevideo y goleó 6-0 en Medellín. En la gran final se enfrenta a Olimpia, en Asunción pierde 0-2 a pesar de hacer un gran partido y en Bogotá gana 2-0, ya en la definición por penaltis gana 5-4, siendo el último penalti pateado por Leonel Álvarez dándole así el primer título internacional de la mano del profesor Francisco Maturana. Jugó la Copa Intercontinental 1989 frente al AC Milán pero también la perdió luego de un extenso partido que se pensaba se definiría por medio de los penaltis.

En 1990 el equipo queda segundo con una buena base que venía desde 1987, con Francisco Maturana, en la Copa Libertadores llega hasta las semifinales pero es eliminado por Olimpia, por ganar la Copa Liberadores tuvo derecho a jugar la Recopa Sudamericana 1989 pero la perdió frente al cuadro Boca Juniors 1 a 0, también disputó la Copa Interamericana 1990 frente al Pumas de la UNAM, ganándole en el resultado global 6 a 1. En 1991 Nacional queda campeón del torneo local frente al América de Cali, con jugadores como Alexis García, Faustino Asprilla, Víctor Aristizábal, Luis Fernando Herrera y Andrés Escobar, en la Copa Libertadores 1991 vuelve a llegar a las semifinales pero es nuevamente eliminado por Olimpia. En 1992 queda de segundo en el rentado domestico, siendo superados por el América de Cali en el cuadrangular, en la Copa Libertadores 1992 fue eliminado en cuartos de final también por el América de Cali. En 1993 fue eliminado rápidamente por la Universidad Católica en octavos de final, en el campeonato colombiano queda tercero, por detrás de Junior e Independiente Medellín, por lo que no clasificó para la siguiente Copa Libertadores. En 1994 Nacional vuelve a quedar campeón del torneo local con Juan José Peláez como técnico, gracias al gol de Juan Pablo Ángel contra Independiente Medellín, no tuvo participación en la Copa Libertadores pero si en la Supercopa Sudamericana pero quedó eliminado en la primera fase. En 1995 el equipo sale tercero en el rentado domestico y en la Copa Libertadores hace una destacada participación quedando subcampeón frente al Gremio de Porto Alegre perdiendo 4-2 en el resultado global, en ese mismo año el equipo es comprado por la Organización Ardila Lule. En el Campeonato colombiano 1995/96 queda tercero a 18 puntos del arrasador Deportivo Cali de ese torneo. En el Campeonato colombiano 1996/97 queda nuevamente tercero, en 1997 juega la Copa Interamericana frente al Deportivo Saprissa, derrotándolo 3-2. En 1998 juega la Copa Merconorte quedando campeón frente al Deportivo Cali con un resultado global de 4-1, de la mano de Gabriel Jaime Gómez como DT del equipo, en el campeonato colombiano queda tercero, quedando segundo en la reclasificación y segundo en el cuadrangular final. En1999 el club queda campeón frente al América de Cali con Luis Fernando Suárez como técnico y con jugadores como Miguel Calero y Víctor Marulanda, consiguiendo así el séptimo título local del equipo, en la Copa Merconorte 1999 es eliminado en primera fase.